Algues toxiques : comment les reconnaître, comprendre les risques et protéger les écosystèmes aquatiques

Algues toxiques : un phénomène en hausse sous l’effet du changement climatique

Chaque été ou presque, les images reviennent : plages fermées en Bretagne à cause des algues vertes, lacs interdits à la baignade pour cause de « fleurs d’eau », mortalité inexpliquée de poissons ou de chiens après une balade au bord d’un étang. Derrière ces événements se cachent souvent des proliférations d’algues toxiques, connues sous le nom de « blooms » ou d’« efflorescences algales ». Un phénomène ancien, mais amplifié par le réchauffement climatique, l’eutrophisation des eaux (excès de nutriments) et l’artificialisation des bassins versants.

En France, les agences de l’eau, l’ANSES et les ARS (agences régionales de santé) suivent de près ces épisodes. En 2023, plusieurs dizaines de plans d’eau ont ainsi fait l’objet de restrictions temporaires, principalement pour des cyanobactéries productrices de toxines hépatiques (microcystines) ou neurotoxiques. Ces événements posent à la fois des questions de santé publique (eau potable, baignade, activités nautiques) et de résilience des écosystèmes aquatiques.

Comment reconnaître ces algues toxiques, comprendre les risques associés et mieux protéger les milieux aquatiques ? Tour d’horizon des connaissances scientifiques, du cadre réglementaire et des leviers d’action disponibles sur les territoires.

De quoi parle-t-on : algues, microalgues, cyanobactéries ?

Le terme « algues toxiques » recouvre en réalité plusieurs types d’organismes, aux caractéristiques et aux impacts différents.

On distingue notamment :

• Les algues macro- et micro-algues eucaryotes : ce sont les algues « classiques » (brunes, rouges, vertes) que l’on trouve dans les océans, les rivières ou les lacs. Certaines microalgues marines produisent des toxines responsables d’intoxications alimentaires via les coquillages (par exemple les dinoflagellés producteurs de toxines PSP ou DSP).
• Les cyanobactéries (souvent appelées à tort « algues bleues ») : ce sont des bactéries photosynthétiques, présentes en eau douce et en eau saumâtre, capables de former des amas ou des nappes à la surface. Ce sont elles qui sont le plus souvent en cause dans les alertes sanitaires en lacs et rivières en France métropolitaine.

Les cyanobactéries sont particulièrement surveillées car certaines espèces peuvent produire des cyanotoxines qui affectent le foie, le système nerveux ou la peau. Elles profitent des mêmes conditions que les algues classiques : eau chaude, nutriments abondants (azote, phosphore), faible courant, fort ensoleillement.

Comment reconnaître une prolifération problématique ?

Les proliférations d’algues ou de cyanobactéries ne sont pas toutes toxiques. Mais certains indices visuels et olfactifs doivent alerter les usagers et les gestionnaires.

Les signes les plus fréquemment observés en eau douce sont :

• Une couleur anormale de l’eau : teinte verte, bleu-vert, parfois brun rougeâtre, donnant un aspect « soupe de pois » ou « peinture » en surface.
• Des amas ou nappes en surface : accumulation de matière verdâtre ou bleuâtre poussée par le vent vers les berges, formant une « mousse » ou une croûte.
• Une mauvaise odeur : odeur de vase, de moisi ou de fermentation, particulièrement marquée par temps chaud.
• Une mortalité inhabituelle de poissons, d’oiseaux ou d’animaux domestiques suite à un épisode de forte prolifération.

En mer, les marées vertes d’ulves sur l’estran (plages, vasières) sont bien connues, notamment en Bretagne. Elles ne sont pas systématiquement toxiques, mais peuvent poser des risques lors de la décomposition des amas (production de sulfure d’hydrogène, gaz toxique à forte concentration).

Les autorités sanitaires rappellent que l’absence de coloration spectaculaire n’exclut pas la présence de toxines. C’est pourquoi les ARS et les laboratoires agréés s’appuient sur des analyses en laboratoire (microscopie, dosage des toxines) et des seuils réglementaires pour décider d’éventuelles restrictions.

Quels sont les risques pour la santé humaine ?

Les risques pour l’être humain dépendent du type d’algues ou de cyanobactéries, de la toxine produite, de la voie d’exposition et de la durée du contact.

Pour les proliférations en eau douce (lacs, rivières, plans d’eau), l’ANSES identifie principalement :

• Le risque par ingestion : ingestion accidentelle d’eau lors de la baignade, consommation de poissons ou de coquillages contaminés (davantage en milieux saumâtres ou côtiers).
• Le risque par contact cutané ou inhalation : irritation de la peau, des yeux, des muqueuses, ou troubles respiratoires bénins lors d’activités nautiques (planche à voile, kayak, ski nautique).

Les symptômes peuvent inclure : nausées, vomissements, diarrhées, maux de ventre, maux de tête, fièvre modérée, irritations cutanées. Dans des cas plus rares, certaines cyanotoxines neurotoxiques peuvent provoquer des troubles neurologiques sévères.

En France, les cas graves restent exceptionnels, mais les autorités appliquent un principe de précaution renforcé dès lors que les seuils de surveillance sont dépassés. Pour l’eau destinée à la consommation humaine, la directive européenne 2020/2184 et sa transposition en droit français fixent des exigences strictes de contrôle et de traitement des cyanotoxines.

Pour les nourrissons, les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées ou souffrant de pathologies hépatiques, la vigilance doit être accrue, en particulier lors d’épisodes de blooms signalés par les ARS.

Des effets sous-estimés sur la faune et les écosystèmes aquatiques

Au-delà de la santé humaine, les proliférations d’algues toxiques ou opportunistes fragilisent fortement les écosystèmes aquatiques.

Les principaux impacts écologiques sont :

• Appauvrissement en oxygène : la décomposition massive des algues consommant l’oxygène dissous dans l’eau, ce qui peut conduire à des épisodes d’anoxie (manque d’oxygène) et à des mortalités de poissons, invertébrés ou mollusques.
• Modification de la chaîne alimentaire : certaines microalgues toxiques sont consommées par le zooplancton ou les coquillages filtreurs, transférant les toxines vers les niveaux trophiques supérieurs (poissons, oiseaux, mammifères marins).
• Altération des habitats : recouvrement des herbiers, colmatage des fonds, changement de la transparence de l’eau, avec un impact sur la photosynthèse et la biodiversité végétale.
• Pression supplémentaire sur des espèces déjà fragilisées par la pollution, la surpêche, le changement climatique ou la fragmentation des cours d’eau.

Dans les estuaires et zones côtières, les marées vertes renvoient aussi à des enjeux économiques et sociaux : image touristique, activités de pêche et de conchyliculture, coûts de ramassage et de traitement pour les collectivités.

Pourquoi ces phénomènes s’intensifient-ils ?

L’augmentation observée des efflorescences d’algues toxiques ne relève pas du hasard. Elle résulte de la convergence de plusieurs facteurs anthropiques.

Les principaux moteurs identifiés sont :

• Le réchauffement des eaux : des températures plus élevées prolongent la saison de croissance des algues et des cyanobactéries, et favorisent les espèces thermophiles. Les épisodes de canicule et de sécheresse, plus fréquents, accentuent ce phénomène.
• Les apports excessifs de nutriments (azote, phosphore) : issus de l’agriculture intensive (engrais, effluents d’élevage), des rejets domestiques ou industriels insuffisamment traités, du ruissellement urbain. Ces nutriments alimentent l’eutrophisation des plans d’eau.
• La stagnation de l’eau : plans d’eau artificiels, zones portuaires, bras morts de rivière, retenues collinaires peu brassées créent des conditions favorables à la prolifération.
• La modification des régimes hydrologiques : barrages, dérivations, canaux et prélèvements accentuent parfois la stratification thermique et réduisent le flux, au détriment de la dilution et du renouvellement de l’eau.

Plusieurs travaux de recherche, en France comme au niveau européen, relient désormais explicitement l’augmentation des blooms toxiques aux tendances climatiques de fond, notamment la hausse des températures et la fréquence des événements extrêmes. Les algues toxiques deviennent ainsi un indicateur sensible de la qualité des écosystèmes aquatiques et des déséquilibres du système Terre.

Un cadre réglementaire en évolution

Sur le plan juridique, la gestion des algues toxiques s’inscrit à l’intersection de plusieurs directives européennes et textes nationaux.

On peut citer notamment :

• La directive-cadre sur l’eau (DCE), qui impose aux États membres d’atteindre le « bon état écologique » des masses d’eau. Les proliférations d’algues et de cyanobactéries sont des indicateurs d’eutrophisation et donc de non-respect des objectifs.
• Les directives « Eaux de baignade » et « Eau potable », qui fixent des normes de qualité et obligent les autorités à restreindre la baignade ou la consommation en cas de contamination avérée ou suspectée.
• Les plans nationaux de lutte contre les marées vertes, en particulier en Bretagne, qui visent à réduire les fuites d’azote et de phosphore à la source (réduction des apports en engrais, gestion des effluents, évolution des pratiques agricoles).

Sur le terrain, ce sont les maires qui portent la responsabilité d’ouvrir ou de fermer la baignade, sur la base d’avis sanitaires des ARS. Les syndicats de rivières, les EPTB (établissements publics territoriaux de bassin) et les agences de l’eau financent et coordonnent les actions de réduction des pollutions diffuses et de restauration des milieux.

Pour les collectivités, la difficulté réside souvent dans le décalage entre la temporalité politique (un mandat) et le temps long nécessaire pour voir les effets des changements de pratiques sur la qualité de l’eau.

Surveiller pour agir : réseaux de suivi et alertes locales

La France dispose de plusieurs dispositifs de surveillance, plus ou moins connus du grand public, mais essentiels pour anticiper les risques.

On peut mentionner :

• Les réseaux de surveillance des eaux de baignade, coordonnés par les ARS, avec des prélèvements réguliers en saison sur les sites les plus fréquentés. Des analyses de cyanobactéries sont réalisées lorsque des indices visuels ou des antécédents le justifient.
• Les suivis DCE mis en œuvre par les agences de l’eau et l’OFB (Office français de la biodiversité), qui incluent des mesures de nutriments, de chlorophylle et parfois de phytoplancton.
• Les réseaux conchylicoles pour les toxines marines, pilotés par IFREMER, qui déclenchent des interdictions de pêche ou de commercialisation en cas de dépassement des seuils.

De plus en plus de territoires expérimentent des outils complémentaires : plateformes de signalement par les usagers, applications mobiles, panneaux d’information mis à jour en temps réel sur les plages ou les lacs. L’objectif : rendre visible un risque souvent perçu comme « lointain » tant que l’interdiction officielle n’est pas publiée.

Quelles solutions pour limiter les algues toxiques à la source ?

Le traitement direct des proliférations (ramassage, aération, barrières physiques, produits algicides) reste coûteux, limité et parfois contre-productif pour les écosystèmes. Les spécialistes insistent sur la nécessité d’agir en amont, sur les causes.

Parmi les leviers identifiés :

• Réduction des apports en nutriments : évolution des systèmes agricoles vers des pratiques plus économes en intrants (agroécologie, agriculture de conservation, diversification des cultures, couverture des sols, réduction des cheptels dans les zones les plus saturées).
• Restauration des zones tampons : haies, bandes enherbées, zones humides, ripisylves (végétation des berges) pour filtrer le ruissellement et piéger l’azote et le phosphore avant qu’ils n’atteignent les cours d’eau.
• Amélioration de l’assainissement : mise aux normes des stations d’épuration, réduction des déversoirs d’orage, lutte contre les rejets directs d’eaux usées ou pluviales polluées.
• Gestion plus fine des plans d’eau : limitation de la multiplication des retenues, gestion des niveaux pour éviter les stagnations extrêmes, restauration de la continuité écologique pour permettre la circulation de l’eau et des sédiments.

Dans plusieurs bassins versants pilotes, comme celui de la baie de Saint-Brieuc ou de la ria d’Étel, des contrats territoriaux associent agriculteurs, collectivités, associations et services de l’État autour d’objectifs chiffrés de réduction des flux d’azote. Les résultats restent contrastés, mais les retours d’expérience montrent que les actions les plus efficaces sont celles qui combinent incitations économiques, accompagnement technique et participation des acteurs locaux.

Que peuvent faire les usagers et les habitants ?

La question revient souvent : face à ces phénomènes qui semblent largement globaux et structurels, que peuvent réellement faire les citoyens ?

À l’échelle individuelle et locale, plusieurs gestes simples contribuent à limiter la pression sur les milieux aquatiques :

• Réduire les apports de nutriments dans son jardin : limiter l’usage d’engrais chimiques, privilégier le compost bien mûr, éviter l’épandage avant un épisode de pluie, végétaliser plutôt que minéraliser les sols.
• Protéger les berges : ne pas tondre jusqu’au bord des rivières ou fossés, maintenir une végétation de berge diversifiée qui filtre le ruissellement.
• Respecter les interdictions de baignade ou d’activités nautiques lors d’alertes cyanobactéries, et éviter que les chiens ne se baignent ou ne boivent dans une eau suspecte.
• Signaler aux autorités locales (mairie, syndicat de rivière, ARS) toute observation inhabituelle : couleur de l’eau, nappes d’algues, mortalités d’animaux.

La participation à des instances de bassin (comités de rivière, SAGE, commissions locales de l’eau) permet également aux habitants d’interroger les priorités d’investissement des collectivités : traitement en bout de chaîne ou changement des pratiques à la source ?

Algues toxiques et transition écologique : des indicateurs à prendre au sérieux

Les épisodes d’algues toxiques ne sont pas qu’une « mauvaise nouvelle estivale » pour les vacanciers. Ils révèlent, de manière très visible, un déséquilibre plus profond dans nos modes de production et d’occupation des sols. Ils interrogent aussi la cohérence des politiques publiques : peut-on, par exemple, annoncer des objectifs ambitieux de restauration de la biodiversité aquatique tout en continuant à artificialiser les berges, morceler les cours d’eau ou retarder la transition agroécologique dans les zones les plus sensibles ?

À l’échelle européenne, la stratégie biodiversité 2030 fixe un cap clair de renaturation des systèmes aquatiques : restauration de 25 000 km de rivières à écoulement libre, protection renforcée des zones humides, réduction de 50 % des pertes de nutriments d’ici 2030. La France, en transposant ces objectifs, se trouve confrontée à des arbitrages concrets entre usages de l’eau, énergie, agriculture, urbanisme et préservation des milieux.

Les algues toxiques, parce qu’elles réagissent rapidement aux changements de conditions environnementales, peuvent servir de baromètre de cette transition. Leur fréquence et leur intensité diront, dans les années à venir, si les engagements pris sur le papier se traduisent réellement par une amélioration de la qualité de l’eau, du climat et des écosystèmes aquatiques.

En attendant, reconnaître ces phénomènes, comprendre leurs causes et leurs impacts, et soutenir les initiatives de réduction des pollutions diffuses reste un levier concret pour renforcer la résilience de nos lacs, rivières et zones côtières face aux chocs à venir.